Minh Quân sinh năm 1980 tại Hà Nội trong một gia đình không làm nghệ thuật. Bố anh mất từ khi anh còn rất nhỏ, và gia đình anh phải sống trong một căn nhà nhỏ trên phố Lý Thường Kiệt, quận Hoàn Kiếm[6][7]. Từ nhỏ anh đã được theo học nhạc tại Cung văn hóa thiếu nhi Hà Nội và giành được một số giải thưởng dành cho thiếu nhi của Thủ đô[8]. Anh tham gia dàn hợp xướng Khăn quàng đỏ dưới sự chỉ huy của nhạc sĩ Duy Quang và theo học đàn bầu. Trong thời gian là học sinh trường THPT Hai Bà Trưng, anh giành Huy chương vàng giọng hát hay học sinh Hà Nội, giải ba Liên hoan tiếng hát học sinh sinh viên. Sau đó, anh thi đỗ thủ khoa thanh nhạc và theo học âm nhạc chuyên nghiệp tại Trường Cao đẳng Nghệ thuật Hà Nội[8] dưới sự dạy dỗ từ NSUT Lê Gia Hội. Trong thời gian này, Minh Quân giành Huy chương vàng Tiếng hát sinh viên toàn quốc[8] và gây chú ý với bài hát "Tôi yêu bóng đá" được nhạc sĩ Trần Tiến sáng tác riêng nhân dịp sự kiện Giải vô địch bóng đá thế giới 1998.